Ну я просто собираю с декриптованным EBOOT'ом один раз, и потом напрямую в HEX-редакторе с ISO работаю в диапазоне где этот самый EBOOT лежит. Изменения мгновенно вносятся, ничего не надо каждый раз пересобирать - заменил что надо, нажал сейв, эмуль резетнул и готово, на все 5 сек уходит.
