Arkadash, вообще на расположение иконок влияет их дата создания. Более новые располагаются выше. Изменить их месторасположение можно через утилиту для компа, поменяв дату создания EBOOT.PBP.
По моему эта:
HomeBrew Sorter
PSP Filer тоже вроде это умеет делать.