Serp87, ну значит оформляй отдельным PKG, как фикс, как будто это обновление.
Только имей в виду, что дисковый EBOOT.BIN предназначен для диска и у него нет никакого ContentID, а EBOOT.BIN, предназначенный для запуска с внутреннего HDD, а не с диска (ISO), должен иметь подпись NPDRM с соответствующим ContentID.