Вот еще размышления:
//1. Сделать отдельные настройки IDE.
А какие еще "отдельные настройки " нужны ? Сейчас есть Опции проекта, если чего надо, то сюда и вставлю , предложи свое видение
//2. Отказаться от Makefile и заменить его настройками проекта.
// объектные файлы и стандартные библиотеки добавлять автоматически. И //соответсвенно при компиляции Makefile генерить автоматически.
Вот я тоже над этим голову ломал:
а) хотелось бы чтоб для нового проекта его легко генерить, вот и придумал упрощенную форму.
б) А как быть с проектами, где есть makefile ? makefile в некоторых случаях - сам как программа, так что классифицировать нереально. Поэтому добавил произвольную форму.
в) "объектные файлы и стандартные библиотеки добавлять автоматически"
Тоже здесь есть много НО, во первых, как определить, что один из .cpp самостоятельно компилится а не входит косвенно через какой нибудь .h ? Даже в Delphi и Visual Studio частенько нужно руками указывать что прилинковать. Плюс там для стандартных h есть однозначное соответсвие библиотек. А тут даже на pspdev никто мне не ответил, как по набору include определить, что добавлять в LIB. Я придумал функцию поиска ,описание из хэлпа:
"Одна из распространненых ошибок, это ‘undefined reference to …’, когда компилятор на этапе сборки не может найти реализацию функции, вызываемой в программе. Для исправления данной ошибки нужно указать в Makefile набор библиотек, функции которых используются в программе. В PSPxIDE реализован механиз поиска нужных библиотек. Когда в результате компиляции в окне сообщений появляются ошибки ‘undefined reference to …’, то нужно запустить поиск библиотек из меню Проект->Поиск библиотек. Процедура проводит поиск по всем библиотекам, находящимся в подкаталогах SDK, и выдает необходимый набор, который нужно включить в раздел Makefile –Библиотеки. Важно ! Поиск находит все библиотеки, где встречаются нужные функции, но не всегда может однозначно выдать правильную последовательность библиотек, так как функции могут быть реализованы в разных библиотеках, либо важен порядок подключения библиотек."
Так вот есть странные ситуации, когда важен даже ПОРЯДОК следования в списке LIB ! очень интересно, что одна и таже функция может быть определена в двух библиотеках , при этом первая в списке и берется как источник. Я сканирую заголовки библиотек и выдаю их список, но это не гарантия что если этот список внести в LIB, то все откомпилится. Так же очень вероятно, что некоторые найденные библиотеки можно отбросить ...
Если у кого есть решение этих проблем то я очень рад буду его применить
//3. Сделать нормальную систему управления файлами проекта. С //поддержкой виртуальных поддиректорий, удобной системы добавления и //удаления файлов в проект.
Тут я еще только в начале пути

Вообще у меня изначально была идея сделать не навороченную программистскую студию, а что то более понятное даже начинающему программисту.