YAGAMI55, открыватель америки
Патчи для того и предусмотрены, чтобы подменять аналогичные файлы игры. То есть, если в патче содержится такой же файл как в игре, тогда файл от игры вообще игнорируется и применяется вместо него файл из патча. На этом принципе основаны все обновления, многие русификаторы, фиксы и т.д.
На таком же принципе построены файлы прошивки, где в качестве патчей подмены прошивки используется раздел dev_blind или dev_rewrite.