идея хорошая однако есть высокая опасность брикнуться во время отладки. тут надо или чип ставить чтоб прошится назад или чтото ещё зарание придумывать, видел мануалы как восстановить прошку через рековери но сам не пробовал...
насчёт замены возможно имеет смысл вместе с приложением распространять архив с набором файлов по умолчанию и просто ево распаковывать при сбросе на "умолчания".