Не, с муксерами\демуксерами в этом плане всё ОК - проверено лично не на одном десятке фильмов !
Это с ААС всё никак не удаётся подружиться: почему-то Неровский кодек всегда при перекодировке в MP4(аудио) "съедает" несколько секунд, из-за чего получается рассинхрон...

Уже даже не знаю, как бороться ?! Поискать что-ли альтернативный AAC-кодер ? А почему у
Winnydows он остаётся синхронным ? Фиг знает...